北朝鮮と日本は日本人拉致被害者及び拉致の可能性がある行方不明者に対し、全面的な再調査を実施することで合意した。これにより日本は2006年の北朝鮮ミサイル発射を受け断行した、独自的な対北制裁の解除を決定した。

北朝鮮と日本は29日、スウェーデンのストックホルムで開かれた（26~28日）、局長級会談のこうした合意内容を同時に発表した。

北朝鮮と日本はまた、日朝国交正常化と日本の対北人道的支援も合意内容に盛り込んでおり、日米韓の北朝鮮の核に対する協力体制に亀裂は生じるのではと懸念の声も出ている。

安倍晋三首相は同日、「拉致問題の全面解決は最も重要な課題の一つ。全ての拉致被害者の家族が自らの手で家族を抱きかかえるその日まで、我々の使命は終わらない」と強調した。

北朝鮮の朝鮮中央通信も同時刻、「日本側は適切な時期に共和国に対する人道主義支援の実施を検討することに決定した。日本側は共和国側とともに朝日平壌宣言に則り不幸な過去を清算し、懸案問題を解決し、国交正常化を実現する意思を改めて表明した。朝日の二国間の信頼造成と、関係改善のための問題解決に誠実に取り組むことにした」と伝えた。

北朝鮮は日本人拉致被害者と行方不明者、太平洋戦争後の残留日本人などに対する包括的な調査を実施するため、「特別調査委員会」を設置することに決めた。同委員会の本格的な活動は3週間後に開始される。

同委員会は拉致被害者の調査及び確認結果を日本側に通知するほか、日本人遺骨処理と生存者発見時は帰国させるようにし、調査過程で提起される問題を確認するための関係者の面談も認めた。

日本は同委員会が調査を開始する時点に合わせ ▲日朝間の人的往来規制 ▲送金・携帯金額制限規制 ▲人道主義目的の北朝鮮籍船舶の日本入港禁止措置 などを解除することにした。北朝鮮の再調査の成果が出た後に対北制裁を解除するのではなく、調査が開始される時点で解除するというもので、時期が早すぎないかとの批判が出ている。

しかし日本は過去に新潟港と北朝鮮の元山を往来していた、北朝鮮旅客船「万景峰92号」は日本入港再開対象ではないとし、今回の協議で在日本朝鮮人総連合会（総連)中央本部ビルの売却問題は含まれないと念を押した。

北朝鮮専門家はデイリーNKに「北朝鮮の核問題解決のため、日米韓協力体制を強化し、中国を説得すべきというのが基本戦略だった。日本がこの体制に亀裂を入れ、北朝鮮は国際社会からの対北制裁の中で一息つく余裕が生まれた」と指摘した。

今回の日朝合意と関連し、韓国政府は「人道的見地から日本人拉致問題に対する日本の立場は理解できる。ただ北朝鮮非核化問題に関しては日米韓3国全てが国際的協力体制を持続させるべきとの共同認識を持っており、こうした理由から日朝協議の動向を今後も見守っていく」と話した。

韓国政府は日本側の公式発表の直前、外交筋を通し発蕪燉eの通知を受けており、日本は30日、韓国側に追加説明をする嵐閧ﾆ伝えていたとされる。