異変があれば秘密警察である国家保衛省（当時は国家安全保衛部）でさえも手足のように使い、場合によっては粛清を企画してきた。
2013年12月に、金正恩氏の叔父である張成沢（チャン・ソンテク）氏が粛清・処刑された事件、2015年4月に当時の人民武力部長だった玄永哲が人間を「ミンチ」と化すような残忍な方法で処刑された事件。いずれも組織指導部が深く関わっていると見られる。
（参考記事：玄永哲氏の銃殺で使用の「高射銃」、人体が跡形もなく吹き飛び…）金日成時代には、金正恩氏の父である金正日総書記が組織指導部長を務めたこともある。その絶大な権力ゆえに「党の中の党」という異名もある。